Όπως φημολογείται για πολλές φυλές που εγκαταστάθηκαν στη Ρόδο, έτσι και για τους Ιωαννίτες Ιππότες λέγεται πως έφτασαν στο νησί από την Κύπρο, αναζητώντας νέο καταφύγιο για το Τάγμα τους. Για την κατάληψη της Ρόδου, συνεργάστηκαν ο τότε μάγιστρος Φούλκ de Villaret και ο Βιν Βινιόλι, ζητώντας χρηματική βοήθεια από την Αγγλία και τη Γαλλία.
Συγκέντρωσαν τις δυνάμεις τους στη Λεμεσσό της Κύπρου, από εκεί πέρασαν επιβιβασμένοι στα πλοία στη Μάκρη και από εκεί μπήκαν στο νησί με τη βοήθεια άπιστων επαναστατών, στα 1306. Αρχικά κατέλαβαν τα παράλια της Ρόδου, στη συνέχεια κάποια φρούρια, αλλά για να κατακτήσουν ολόκληρη τη Ρόδο χρειάστηκαν 4 χρόνια. Έτσι στις 15 Αυγούστου 1309 κατέκτησαν όλο το νησί, μαζί με την πόλη.
Με την κατάληψη της Ρόδου, οι Ιωαννίτες Ιππότες έλαβαν το όνομα “Ιππότες της Ρόδου” και ο μάγιστρος ονομάστηκε “Μεγάλο Μάγιστρος” – “magnus magister”. Ο Μεγάλος μάγιστρος με το συμβούλιο του έμεναν στο παλάτι. Από το 1309 – 1522, πέρασαν από τη Ρόδο 19 μάγιστροι.
Τα πρώτα χρόνια της εγκατάστασης του Τάγματος στη Ρόδο, υπήρχαν εσωτερικές διαμάχες μεταξύ των Ιπποτών, παρόλα αυτά όμως κατάφεραν να αντισταθούν στις πολιορκίες των Τούρκων, οι οποίοι ήθελαν να καταλάβουν τη Ρόδο.
Στα χρόνια της εγκατάστασης τους οι Ιππότες, με αρχηγό το Μεγάλο Μάγιστρο, επιδιόρθωσαν τα τείχη, έφτιαξαν φρούρια, ναυπηγεία, ανέπτυξαν την κεραμοποιία και προστάτευαν τον ντόπιο κόσμο. Μετά από πολλές διαμάχες, διαφωνίες και πολιορκίες οι Τούρκοι απειλούσαν συνεχώς για την κατάληψη της Ρόδου και το 1457 κατάφεραν να αποβιβάσουν δυνάμεις του στο χωριό Αρχάγγελος. Οι Ιωαννίτες Ιππότες ενίσχυαν συνεχώς τα φρούρια και η φρουρά ήταν σε ετοιμότητα γιατί η κατάσταση γινόταν όλο και κρισιμότερη. Έτσι το 1468 δέχονται μια μεγάλη πολιορκία από το στόλο των Τούρκων, την οποία όμως κατάφεραν να αντιμετωπίσουν με πολλές απώλειες. Μετά από το κτύπημα αυτό, η επισκευή στα τείχη, τους δίνει και τη σημερινή τους μορφή.
Με πολλά διατάγματα, το Τάγμα των Ιπποτών έθετε τα φρούρια στη διάθεση των ντόπιων για να προστατευτούν σε περίπτωση εισβολής του εχθρού. Μετά από πολλές δοκιμασίες και αλλεπάλληλες επιδρομές των Τούρκων, η πολιορκία που θα έθετε τη Ρόδο υπό Τουρκική κατάληψη άρχισε στις 26 Ιουνίου 1522. Η ορμή των εχθρών μεγάλη αλλά και η αντίσταση εξίσου, Έλληνες και Λατίνοι πολεμούν με δόξα και μανία μέχρι τέλους. Τελικά μετά από 6 μήνες πολιορκίας ο Μεγάλος Μάγιστρος και ο Σουλειμάν συνθηκολόγησαν και η πόλη της Ρόδου παραδόθηκε στους Τούρκους στις 22 Δεκεμβρίου 1522.γ
Το Τάγμα των Ιπποτών είχε έδρα τη Ρόδο για 213 χρόνια (1309 – 1522). Με κοινό γνώμονα το Χριστιανισμό και το καλό του τόπου, αγωνίστηκε μαζί με τους Ροδίτες, πολλοί από τους οποίους αποχαιρέτησαν τη Ρόδο μαζί με τους Ιππότες στις 2 Γεννάρη 1523, φοβούμενοι τα επακόλουθα της κατάληψης από τους Τούρκους.
